De belangrijkste thema's in de X-Files zijn onder andere het onbekende, de zoektocht naar waarheid, en de strijd tussen wetenschap en geloof. De serie verkent ook diepere psychologische en sociale kwesties, zoals paranoia en de gevolgen van overheidstransparantie, wat het verhaal een rijke laag geeft.
De cinematografie van de X-Files is vaak donker en sfeervol, met gebruik van schaduw en onconventionele camerahoeken om een gevoel van onbehagen te creëren. Deze esthetiek versterkt de mysterie-achtige elementen van de plot en helpt de kijkers in een constante staat van spanning en nieuwsgierigheid te houden.
De X-Files heeft een grote invloed gehad op andere series, vooral in het sci-fi en horror genre. Het introduceerde het idee dat niet alleen monsters maar ook mensen deel uitmaken van het gevaar. Dit heeft geleid tot het creëren van andere series die elementen van het bovennatuurlijke en de complexe relatie tussen hoofdpersonages en hun wereld combineren.
Mulder en Scully zijn iconisch omdat ze een unieke dynamiek vormen, waarbij wetenschap en geloof samenkomen. Mulder vertegenwoordigt de jager naar waarheid, terwijl Scully de rationele tegenhanger is. Hun sterke karakterontwikkeling en samenwerking maken hen memorabel en herkenbaar voor het publiek.
Enkele memorabele afleveringen van de X-Files zijn 'The Pilot', waarin de basis wordt gelegd voor de hele serie, en 'Clyde Bruckman's Final Repose', welke niet alleen humor en drama mengt, maar ook diepere thema's van lot en verlies verkent. Een andere opvallende aflevering is 'The War of the Coprophages', die draait om de hilariteit en absurditeit van menselijke angst en bijgeloof.